ABSTRACT: The use of molecular information in breeding programs contributed to important advances in the improvement of traits of economic interest in livestock production. The advent of single nucleotide polymorphism (SNP) panels applied to genome-wide selection (GWS) and genome-wide association studies (GWAS), along with computational advances (e.g., use of powerful software and robust analyses) allowed a better understanding of the genetic architecture of farm animals and increased the selection efficiency. In this context, the statistic method single-step GBLUP has been frequently used to perform GWS, and more recently GWAS analyses, providing accurate predictions and QTL detection, respectively. Nevertheless, in developing countries, species such as sheep and goats, whose genomic data are more difficult to be obtained, the use of data simulation has been efficient in the study of the major factors involved in the selection process, such as size of training population, density of SNP chips, and genotyping strategies. The effects of these factors are directly associated with the prediction accuracy of genomic breeding values. In this review we showed important aspects of the use of genomics in the genetic improvement of production traits of animals, the main methods currently used for prediction and estimation of molecular marker effects, the importance of data simulation for validation of those methods, as well as the advantages, challenges and limitations of the use of GWS and GWAS in the current scenario of livestock production.

RESUMO: Em programas de melhoramento genético, o uso de informações moleculares garantiu importantes avanços para a melhoria de características de interesse econômico, no âmbito da produção animal. O advento da tecnologia de painéis de SNPs aplicados à seleção genômica ampla (GWS) e associação genômica ampla (GWAS), aliado ao avanço computacional, com o uso de softwares e análises robustas, permitiram melhor compreensão sobre a arquitetura genética dos animais de produção e, consequentemente, maior eficiência na seleção. Nesse contexto, o método estatístico single-step GBLUP tem sido utilizado, frequentemente, na execução da GWS e, mais recentemente, em GWAS, possibilitando predições acuradas e detecção de QTLs, respectivamente. No entanto, em países em desenvolvimento e, em espécies como os ovinos e caprinos, que existe maior dificuldade para a aquisição de dados genômicos, o uso da simulação de dados tem se mostrado eficiente para estudar os principais fatores envolvidos no processo de seleção, como o tamanho da população de treinamento, densidade de chipde SNPs e estratégias de genotipagem, cujos efeitos estão diretamente associados à acurácia da predição de valores genéticos genômicos. Nesta revisão, serão abordados pontos importantes sobre o uso da genômica no melhoramento genético de características produtivas em animais, principais métodos de predição e estimação de efeitos de marcadores moleculares na atualidade, a importância da simulação de dados para a validação desses métodos, bem como as vantagens, os desafios e as limitações no cenário atual da produção animal com o uso da seleção e associação genômica ampla.

Abstract This research aimed to investigate the occurrence of Cryptosporidium and correlate it with types of housing, feces consistency, and physiological parameters related to the reproductive status of Anglo-Nubian goats reared in the State of Piauí, Brazil. A total of 180 fecal samples were collected from 60 non-pregnant and lactating goats with a mean weight of 35 kg, a body condition score of 3.5, and a mean age of three years from an experimental herd at the Federal University of Piauí (UFPI). Oocysts of protozoa of the genus Cryptosporidium could be found in the studied animals using the modified Ziehl-Neelsen technique in fecal smears and the image analysis system to perform morphometry. Each independent variable in the quantitative and qualitative analyses, that is, weight, body condition score (BCS), physiological status (non-pregnant or lactating), feces consistency (normal, pasty, or diarrheal), and floor types (concrete and slatted), was tested with the dependent variable (positive samples, i.e., the presence of Cryptosporidium oocysts). Twenty-four out of the total number of fecal samples were considered positive for the presence of the protozoan, which means that 13.3% of the animals were parasitized. Moreover, 100% of the positive feces samples had normal consistency (firm) and all parasitized animals were reared in pens with a concrete floor. A statistical variation was observed in the BCS of parasitized animals compared to non-parasitized ones (p > 0.0253). The results showed that the occurrence of Cryptosporidium in experimental goats located in the municipality of Teresina, State of Piauí, Brazil, was considered low, requiring sanitary management measures to prevent infection in animals and humans. This is the first report of Cryptosporidium infection in goats in the State of Piauí.

Resumo O objetivo desta pesquisa foi investigar a ocorrência de Crypstoporidium e correlacionar com tipos de alojamento, consistência das fezes e parâmetros fisiológicos ligados ao estado reprodutivo de cabras da raça Anglonubiana criadas no estado do Piauí, Brasil. Foram utilizadas 180 amostras de fezes de 60 cabra, com peso médio de 35kg, escore de condição corporal de 3,5, com idade em média de três anos, e cabras vazias e lactantes, de um rebanho experimental da Universidade Federal do Piauí (UFPI). Utilizando-se a técnica de Ziehl-Neelsen modificada em esfregaço fecal e sistema de análise de imagens para a realização da morfometria, foi possível encontrar oocistos de protozoários do gênero Crypstoporidium nos animais estudados. Nas análises quantitativa e qualitativa, cada variável independente: peso, escore de condição corporal (ECC), estado fisiológico (vazia ou lactante), consistência das fezes (normal, pastosa ou diarreica) e tipos de piso (concreto e ripado), foi testada com a variável dependente (amostras positivas, ou seja, presença de oocistos de Cryptosporidium). Do total de amostras fecais analisadas, 24 delas foram consideradas positivas à presença do protozoário, o que significa que 13,3% dos animais estavam parasitados na ocasião da pesquisa. Foi observado que 100% das amostras de fezes positivas apresentaram consistência normal (firme) e que todos os animais parasitados eram criados em aprisco com piso de concreto. Houve uma variação estatística no ECC dos animais parasitados comparados aos não parasitados (p > 0,0253). Os resultados evidenciaram que a ocorrência de Cryptosporidium em caprinos experimentais localizados no município de Teresina, no estado do Piauí, foi considerada baixa, sendo necessária medidas de manejo sanitário para prevenir a infecção nos animais e no homem. Este é o primeiro relato da infecção por Cryptosporidium em cabras no estado do Piauí.